除草剂防除农田杂草的使用方法很多。按除草剂的喷洒目标可分为土壤处理法和茎叶处理法。按施药方法又可划分为喷雾法、撒施法、泼浇法、甩施法、涂抹法、除草剂薄膜法等。
一、土壤处理法
1.播前土壤处理 作物种植或移栽前用除草剂处理土壤。
（1）播前土表处理 作物种植前将除草剂施于土壤表面。例如稻田插秧前施用除草醚或五氯酚钠于土表防除杂草。蔬菜等移栽前施用异丙甲草胺等方除杂草。
（2）播前混土处理 作物种植前施用除草剂于地表，并均匀地混入浅土层中的方法称播前混土处理法。根据经验，用圆盘耙交叉耙两次，耙深10cm就能将药剂均匀地分散到3~5cm的土层内。当药层内的杂草萌发或穿过药层时，则杂草吸收药剂而死亡。这种处理法的特点是：①能够减少易挥发与光解的除草剂的流失；②能杀死土壤深层萌发的杂草；③受土壤墒情的影响小
采用播前混土处理也可能出现一些问题。首先是药剂如果混入种子层内，降低了药剂的选择性，要求所用的除草剂必须具有足够的选择性，否则会出现药害。其次是当除草剂从表层被分散到较深土层后，不一定能增加除草效果，有些除草剂可能适得其反。因为土壤中的药剂浓度被稀释而降低了药效。
2.播后苗前土壤处理 作物播种后尚未出苗时处理土壤，称播后苗前土壤处理或苗前土壤处理。苗前土壤处理可以应用选择性除草剂，如西玛津与莠去津用于玉米田。但大多数情况是利用土壤位差等的综合选择性，达到安全除草的目的。供土壤处理用的除草剂必须具有一定的持效期，才能有效地控制杂草。落于土壤立即钝化或降解的除草剂如敌稗、草甘膦等茎叶处理剂，则不宜做土壤处理剂。
3.苗后土壤处理 作物生育期处理土壤或移栽缓苗后处理土壤，称为苗后土壤处理。例如稻田插秧后杂草尚未出土或处在幼苗期施用丁草胺或禾草丹。为了减少药剂附着在水稻上，常采用颗粒剂或药剂混以湿土撒施，从而避免产生药害。一些移栽蔬菜在缓苗后使用异丙甲草胺控制未出土的杂草等。但该种施药方法必须注意：①在作物缓苗后施药；②所选用的除草剂必须对作物苗期安全或采取适宜的施药方法；③杂草尚未出土。
二、茎叶处理法
将除草剂直接喷洒到生长着的杂草茎、叶上的方法称为茎叶处理法。
1.播前茎叶处理 在农田尚未播种或移栽作物前，用药剂喷洒已长出的杂草。通常要求除草剂具有广谱性，药剂易被叶面吸收，落在土壤上不致影响种植作物。但这种施药方法仅能消除已长出的杂草，对后发杂草难以控制。
2.生育期茎叶处理 作物出苗后使用除草剂处理杂草茎叶的方法称为生育期茎叶处理。这种方法药剂不仅能接触杂草，还能接触作物，因而要求所用的除草剂具有较高的选择性。例如2,4-D或2甲4氯防除麦田中的双子叶杂草，灭草松防除大豆田双子叶杂草等。
茎叶处理法一般采用喷雾法而不采用喷粉法。因为喷雾法使药剂易附着与渗入杂草组织，有较好的药效。生育期茎叶处理的施药适期，宜在杂草敏感而对作物安全的生长阶段。如2,4-D类防除双子叶杂草，春小麦宜在3~5叶期至拔节期前，玉米宜在3~6叶期。